Las normas tributarias establecen que en los contratos de construcción, el IVA se genera sobre la parte de los ingresos correspondiente a los honorarios obtenidos por el constructor, y aclaran que cuando no se pacten honorarios, el impuesto se causará sobre la remuneración del servicio que corresponda a la utilidad del constructor, debiéndose señalar en el contrato la parte correspondiente a honorarios o utilidad, la cual en ningún caso podrá ser inferior a la que comercialmente corresponda a contratos similares.

A su vez, la norma dispone que el responsable sólo podrá solicitar el IVA descontable por los gastos directamente relacionados con los honorarios o utilidad, que constituyeron la base gravable del impuesto, advirtiendo que en ningún caso dará derecho a descuento el IVA pagado por los costos y gastos necesarios para la construcción, los cuales constituirán mayor valor de la obra construida.

Fuente

Decreto 1625 de 2016 artículo 1.3.1.7.9